Naufal Rafid Muhammad Faddila, . (2025) PENGGUNAAN TOP-K REPRESENTATIVE SKYLINE QUERY DALAM MENENTUKAN PROTEIN PENTING PADA KANKER PARU-PARU. Skripsi thesis, Universitas Pembangunan Nasional Veteran Yogyakarta.
![[thumbnail of 1_Cover_123220052_Naufal Rafid Muhammad Faddila.pdf]](http://eprints.upnyk.ac.id/style/images/fileicons/text.png) |
Text
1_Cover_123220052_Naufal Rafid Muhammad Faddila.pdf Download (75kB) |
|
Text
2_Abstrak_123220052_Naufal Rafid Muhammad Faddila.pdf Download (754kB) |
|
Text
3_Halaman Pengesahan_123220052_Naufal Rafid Muhammad Faddila.pdf Download (597kB) |
|
Text
4_Daftar Isi_123220052_Naufal Rafid Muhammad Faddila.pdf Download (362kB) |
|
Text
5_Daftar Pustaka_123220052_Naufal Rafid Muhammad Faddila.pdf Download (2MB) |
|
Text
6_Skripsi Full_123220052_Naufal Rafid Muhammad Faddila.pdf Restricted to Repository staff only Download (5MB) |
Abstract
Kanker paru-paru merupakan masalah kesehatan serius dengan tingkat kematian yang tinggi , di mana diagnosis dini terkendala oleh kurangnya biomarker spesifik. Untuk mengidentifikasi protein penting, dilakukanlah analisis jaringan interaksi protein, salah satu metode untuk menganalisis jaringan interaksi protein adalah Skyline Query. Namun, metode Skyline Query standar memiliki kelemahan mendasar saat diterapkan pada data berdimensi tinggi, yaitu menghasilkan jumlah data yang terlalu besar (result explosion) dan hasilnya kurang informatif karena tidak adanya peringkat. Penelitian ini mengusulkan penggunaan algoritma Top-K Representative Skyline Query (Top-k RSQ) untuk mengatasi kelemahan tersebut. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengevaluasi efektivitas Top-k RSQ dalam mengidentifikasi protein penting dan menganalisis fungsi biologis dari protein yang berhasil teridentifikasi.
Metode penelitian ini bersifat in silico yang memiliki beberapa tahapan yaitu, pengumpulan data protein dari basis data UniProt. Kemudian preprocessing data, pembangunan jaringan PPI menggunakan STRING pada tiga tingkat kepercayaan (required score), perhitungan delapan ukuran sentralitas seleksi protein menggunakan Top-k RSQ. Pengembangan sistem antarmuka menggunakan Django dan validasi hasil menggunakan enrichment analysis (Gene Ontology dan KEGG Pathway) melalui platform Metascape.
Hasil penelitian menunjukkan bahwa algoritma Top-k RSQ terbukti efektif dalam mengidentifikasi protein penting. Metode ini berhasil mengatasi masalah result explosion dengan menghasilkan daftar Top-10 protein yang ringkas dan terperingkat berdasarkan domination score. Penggunaan PCA dan overall centrality juga berhasil menjamin objektivitas peringkat saat terjadi tie breaking. Enrichment analysis mengkonfirmasi relevansi biologis yang tinggi, di mana protein hasil seleksi terbukti terlibat signifikan dalam jalur inti kanker seperti pathways in cancer, small cell lung cancer, regulasi siklus sel, dan jalur apoptosis. Penelitian ini membuktikan bahwa protein yang penting secara topologi (struktur) menurut Top-k RSQ juga merupakan komponen penting secara fungsional (biologis) dalam kanker paru-paru.
Kata Kunci: Kanker Paru-Paru, Top-K Representative Skyline Query (Top-k RSQ), Jaringan Interaksi Protein, Sentralitas, Enrichment Analysis
| Item Type: | Tugas Akhir (Skripsi) |
|---|---|
| Additional Information: | Naufal Rafid Muhammad Faddila (Penulis - 123220052) Heru Cahya Rustamaji (Pembimbing) |
| Uncontrolled Keywords: | Kanker Paru-Paru, Top-K Representative Skyline Query (Top-k RSQ), Jaringan Interaksi Protein, Sentralitas, Enrichment Analysis |
| Subjek: | R Medicine > R Medicine (General) T Technology > T Technology (General) |
| Divisions: | Fakultas Teknik Industri > (S1) Informatika |
| Depositing User: | Indah Lestari |
| Date Deposited: | 16 Dec 2025 00:58 |
| Last Modified: | 16 Dec 2025 00:58 |
| URI: | http://eprints.upnyk.ac.id/id/eprint/46087 |
Actions (login required)
 |
View Item |