OPTIMASI METODE DETEKSI PENYEBAB PENYAKIT BERCAK BAKTERI PADA BIJI CABAI (Capsicum annum L.) MENGGUNAKAN POLYMERASE CHAIN REACTION

Azzahra, Diamondita Aisya (2021) OPTIMASI METODE DETEKSI PENYEBAB PENYAKIT BERCAK BAKTERI PADA BIJI CABAI (Capsicum annum L.) MENGGUNAKAN POLYMERASE CHAIN REACTION. Other thesis, UPN "Veteran" Yogyakarta.

Preview	Text ABSTRAK.pdf Download (162kB) | Preview
Preview	Text COVER.pdf Download (169kB) | Preview
Preview	Text DAFTAR ISI.pdf Download (162kB) | Preview
Preview	Text LEMBAR PENGESAHAN.pdf Download (376kB) | Preview
Preview	Text DAFTAR PUSTAKA (6).pdf Download (227kB) | Preview
	Text SKRIPSI-DIAMONDITA-FULL-LAMPIRAN.pdf Restricted to Repository staff only Download (1MB)

Abstract

x
OPTIMASI METODE DETEKSI PENYEBAB PENYAKIT BERCAK
BAKTERI PADA BIJI CABAI (Capsicum annum L.) MENGGUNAKAN
POLYMERASE CHAIN REACTION
Oleh: Diamondita Aisya Azzahra

ABSTRAK
Deteksi bakteri Xanthomonas axonopodis pv vesicatoria (XAV) dari biji cabai
dilakukan untuk efisiensi dalam pengendalian penyakit bercak bakteri yang terbawa
oleh biji. Deteksi XAV pada biji cabai melalui Polymerase Chain Reaction (PCR)
menggunkan primer XAVF/XAVR dan RST65/RST69 terkadang mendapatkan
Elektrofogram yang tidak jelas. Penelitian ini bertujuan untuk menemukan waktu,
suhu annealing, dan konsentrasi primer optimal untuk mendeteksi XAV pada biji
cabai sehingga mendapatkan Elektrofogram yang jelas. Penelitian dilakukan di
Laboratorium Proteksi Tanaman Fakultas Pertanian UPN “Veteran” Yogyakarta.
Optimasi dilakukan dalam tiga tahap, pertama adalah optimasi suhu annealing,
kedua optimasi waktu annealing, dan ketiga optimasi konsentrasi primer. Hasil
optimasi divalidasi dengan tiga ulangan menggunakan kontrol positif dan negatif.
Hasil pengamatan menujukkan annealing primer XAVF/XAVR optimal pada suhu
60°C selama 30 deik pada konsentrasi 10pmol, dan primer RST65 dan RST 69
optimal pada suhu 58°C selama 20 detik pada konsentrasi primer 10pmol. Hasil
validasi suhu, waktu annealing dan konsentrasi primer tersebut secara konsisten
selalu jelas dan tanpa smear. Hasil validasi menggunakan biji cabai konsisten dan
menunjukkan bahwa tidak terdapat XAV pada biji yang diuji.
Kata kunci : Bercak Bakteri, Xanthomonas axonopodis pv vesicatoria, PolymeraseChain Reactio, Cabai

OPTIMIZATION OF THE DETECTION METHOD FOR BACTERIAL
SPOT PATHOGEN ON CHILI PEPPER SEEDS (Capsicum annum L.)
USING POLYMERASE CHAIN REACTION
Author: Diamondita Aisya Azzahra
Supervisor: Dr. Ir. Mofit Eko Poerwanto, M.P., and Danar Wicaksono, SP., M.Sc.
ABSTRACT
Detection of Xanthomonas axonopodis pv vesicatoria (XAV) from chili seeds was
carried out for efficiency in controlling seed-borne bacterial spot disease. XAV
Detection for chili pepper seeds using Polymerase Chain Reaction (PCR)
sometimes produce unclear result. This research is aimed to determine the optimal
time, annealing temperature, and primer concentration to detect XAV on chili
pepper seeds so that electrophoresis results can be achieved in a clear band. This
test is carried out in the Plant Protection Laboratory, Faculty of Agriculture UPN
“Veteran” Yogyakarta. Optimization is conducted in three phases, the first was
the annealing temperature optimization, the second is time optimization, and the
third being primer concentration optimization. Optimization results are validated
by three repetitions using positive and negative control. The results showeds that
XAVF/XAVR primer is run optimal at 60°C for 30 seconds on the primer
concentration of 10pmol, and primer RST65/RST 69 is optimal at 58°C for 20
seconds on the primer concentration of 10pmol, as proved by said validation results
of temperature, annealing time and primer concentration, bands are consistently
clear without smear, XAV detection result on chili pepper seeds showeds there are
no XAV on the tested seeds, PCR reaction used reagents which are 9,5 H2O, 12,5
master mix, 1 µL of each Primer, and 1 µL DNA or DdH2O for negative control.
Key words : Bacterial Spot, Xanthomonas axonopodis pv vesicatoria, Polymerase
Chain Reaction
RIWAYAT HIDUP

Item Type:	Thesis (Other)
Uncontrolled Keywords:	Bercak Bakteri, Xanthomonas axonopodis pv vesicatoria, PolymeraseChain Reactio, Cabai
Subjects:	S Agriculture > S Agriculture (General)
Divisions:	Faculty of Medicine, Health and Life Sciences > School of Biological Sciences
Depositing User:	Eko Yuli
Date Deposited:	20 Dec 2021 04:24
Last Modified:	01 Nov 2022 03:02
URI:	http://eprints.upnyk.ac.id/id/eprint/27381

Actions (login required)

View Item